Tegishli ball qanday hisoblanadi?
Tegishli ball qanday hisoblanadi?

Video: Tegishli ball qanday hisoblanadi?

Video: Tegishli ball qanday hisoblanadi?
Video: Minimum o‘tish balli qancha va uning super-kontraktga ta’siri qanday? 2024, Noyabr
Anonim

The Hisob ning tekislash , S, hisoblangan almashtirish va bo'shliq yig'indisi sifatida ball . O'zgartirish ball Izlash jadvali (qarang: PAM, BLOSUM). Bo'shliq ball odatda hisoblangan G ning yig'indisi sifatida, bo'shliqni ochish jazosi va L, bo'shliqni kengaytirish jazosi. Uzunligi n bo'lgan bo'shliq uchun bo'shliq narxi G+Ln bo'ladi.

Shunga ko'ra, hizalanish balli nima?

Optimal tekislash va hizalanish balli Optimal tekislash hisoblanadi tekislash eng yuqori berish Hisob , va hizalanish balli bu eng yuqorimi Hisob . Ya'ni, hizalanish balli X va Y ning = Hisob X va Y ning optimal ostida tekislash . Masalan, hizalanish balli Quyidagilardan X va Y 36 ga teng.

Yuqoridagilardan tashqari, ketma-ketlikni moslashtirish qanday ishlaydi? Bioinformatikada a ketma-ketlikni tekislash tartibga solishning bir usuli hisoblanadi ketma-ketliklar DNK, RNK yoki oqsil o'rtasidagi funktsional, strukturaviy yoki evolyutsion munosabatlar natijasi bo'lishi mumkin bo'lgan o'xshashlik hududlarini aniqlash uchun. ketma-ketliklar.

Mana, bioinformatikada ball nima?

Ketma-ketlikni tekislash kontekstida a Hisob tekislashning umumiy sifatini tavsiflovchi raqamli qiymat. Yuqori raqamlar yuqori o'xshashlikka mos keladi. The Hisob shkalasiga bog'liq gol urish foydalanilgan tizim (almashtirish matritsasi, bo'shliq penalti).

Ketma-ketlikni tekislashda optimal tekislash nima?

The optimal tekislash ikkita proteindan iborat ketma-ketliklar bo'ladi tekislash Bu kiritilgan bo'shliqlar uchun jazoni kamaytirgan holda juftlik ballari yig'indisini maksimal darajada oshiradi. Dinamik dasturlash imkonini beradi optimal tekislash ikkidan ketma-ketliklar qadamlar tartibida topiladi, bu erda m va n - ning uzunliklari ketma-ketliklar.

Tavsiya: