Kontiglar qanday qilib iskalalarga yig'iladi?
Kontiglar qanday qilib iskalalarga yig'iladi?

Video: Kontiglar qanday qilib iskalalarga yig'iladi?

Video: Kontiglar qanday qilib iskalalarga yig'iladi?
Video: 60 провалов интернет-шопинга 2024, Dekabr
Anonim

Loyiha genomini yaratishda birinchi navbatda DNKni individual o'qish kerak kontiglarga yig'iladi , bu ularning tabiatiga ko'ra yig'ilish , ular orasida bo'shliqlar mavjud. Keyingi qadam uchun keyin ular orasidagi bo'shliqlarni ko'prik ga mos keladi yaratish a iskala . Buni optik xaritalash yoki juft juftlik ketma-ketligi yordamida amalga oshirish mumkin.

Xuddi shunday, siz so'rashingiz mumkin: kontiglar va iskala nima?

A iskala yakuniy ketma-ketlikda butun genomli ov miltig'i klonlaridan rekonstruksiya qilingan genom ketma-ketligining bir qismidir. Iskalalar dan tashkil topgan kontiglar va bo'shliqlar. A kontig genomik ketma-ketlikning qo'shni uzunligi bo'lib, unda asoslar tartibi yuqori ishonchlilik darajasiga ma'lum. Ayrim hollarda, iskala ustma-ust tushishi mumkin.

Shuningdek, bioinformatikada kontigs nima? A kontig (qo'shnidan) - bu DNKning konsensus mintaqasini ifodalovchi bir-biriga o'xshash DNK segmentlari to'plami. Contigs Shunday qilib, kontekstga qarab bir-birining ustiga tushadigan DNK ketma-ketligiga ham, klonlar tarkibidagi bir-birining ustiga chiqadigan jismoniy segmentlarga (parchalarga) ham murojaat qilishi mumkin.

Shu munosabat bilan kontiglar qanday yig'iladi?

DNK fragmentlarining bir-biriga o'xshash DNK ketma-ketligi to'plami a deb nomlanadi kontig . Contig xaritalash - bu bir-birining ustiga chiqadigan klonlar bo'lgan jarayon yig'ilgan bu o'xshashlikni ketma-ketlashtirish uchun. Bu tartibga solishni o'z ichiga oladi kontiglar tartib va yo'nalishda. Klonlash kontiglar avtomatik bo'lishi mumkin yig'ilgan ularning BAC-end ketma-ketliklari yordamida.

Kontiglar nima uchun muhim?

Contig yig'ilish - bu muhim genom yig'ilishidagi qadam. Xaritalash uchun bir-birining ustiga tushadigan klonlar ketma-ketlikda yig'iladi. Har bir fragment vektorda klonlanadi va ketma-ketlik uzunligi taxminan 600-700 bp hosil qilish uchun ikkala uchidan ketma-ketlashtiriladi. DNK fragmentining ikkala uchidan ketma-ketlik juft uchi deyiladi.

Tavsiya: